Dnia 28 listopada została powołana do życia rozkazem naczelnika państwa Józefa Piłsudzkiego ,,Marynarka Polska”. Bazą dla nowego rodzaju wojska stał się port w Modlinie.
Marynarze polscy rekrutowali się głównie z żołnierzy służących w marynarkach wojennych byłych państw zaborczych. Proporcjonalnie najwięcej było marynarzy floty Rosyjskiej potem floty Austro-Węgierskiej najmniej – z Niemiec. Akcje zabezpieczania sprzęt dla przyszłej marynarki wojennej zainicjował rozkaz generała Rozwadowskiego. Na bazie sprzętu pływającego przejętego po zaborcach w porcie wojennym w Modlinie w grudniu 1918 roku zaczęła się tworzyć Flotylla Wiślana. A wiosną 1919 roku wydzielono z niej pewną ilość ludzi i sprzętu aby rozpocząć tworzenie Flotylli Pińskiej. W marcu 1919 roku Flotylla Wiślana liczyła pięć jednostek. Pierwszym uzbrojonym statkiem była „Wisła”. Po rozpoczęciu wojny polsko-bolszewickiej zaczęła się rozbudowa marynarki. Szybko zaczęły się pojawiać nowe jednostki, które większości stanowiły uzbrojone motorówki opancerzane, uzbrojone holowniki i inne statki cywilne.
17 stycznia 1920 roku statek uzbrojony „Wisła” wspólnie z idącym brzegiem 1 batalionem morskim rozpoczął zajmowanie portów w Toruniu, Fordonie, Grudziądzu i Tczewie. W maju 1920 roku atak armii konnej Budionnego spowodował całkowite zniszczenie Flotylli Pińskiej a ocalałych marynarzy przerzucono do Flotylli Wiślanej, która liczyła wtedy 21 statków i kilkadziesiąt motorówek. Były to m.in. statek sztabowy „Warneńczyk”, statek szpital „Łokietek”, statki uzbrojone „Wawel”, „Jagiełło”, „Wisła”, „Warta”, „Bug”, „Różycki”, „Bartosz Głowacki”, „Bałtyk”, „Minister”, „Sobieski”, „Stefan Batory”, „Emila Plater”, „Andrzej Zamojski”, „Wyspiański”, „Kraszewski”, „Moniuszko”, „Kopernik”, holownik „Neptun” i kuter parowy „Kiliński”.
Podstawowymi zadaniami flotylli było patrolowanie Wisły, eskortowanie barek przewożących zaopatrzenie dla wojska i działania uniemożliwiające wykonanie przez bolszewików desantu na drugą stronę Wisły. Pierwsze starcie następuje 14 sierpnia w okolicy Nieszawy gdzie uzbrojone statki Neptun i Moniuszko podczas eskortowania 2 barek wiozących zaopatrzenie do Warszawy zauważają oddział kozaków, do którego otwierają ogień. Podczas wymiany ognia tonie Moniuszko lecz jego załoga po dostani się na brzeg w pław prowadzi walkę dalej aż do śmierci dowódcy statku ppor. mar. Jerzego Pieszkańskiego. Dopiero wtedy Polacy wycofują się a barki wpadają w ręce bolszewików. Tego samego dnia dowództwo floty wysyła statek „Sobieski” w górę „Wisły” zaś statki „Minister”, „Wawel” i „Batory” skierowano do Płocka. Statek „Sobieski” po dotarciu do Góry Kalwarii natknął się na odziały armii czerwonej które usiłowały przeprawić się przez rzekę, a następnie odparła przeciwnika. „Sobieskiemu” udało się także odpędzić jeden niewielki oddział jaki przebił się do Wisły na wysokości Wilanowa. 16 sierpnia statki „Wawel”, „Batory” i trzy motorówki stoczyły zwycięski bój z kozakami o miasto Dobrzyń nad Wisłą. Polskie jednostki prowadziły tak skuteczny ostrzał że Rosjanie mimo początkowo opanowania miasta, zostali zmuszeni do oddania go ponownie Polakom. Gwałtowny atak bolszewików na Włocławek 16 sierpnia prawie zakończył się zdobyciem mostu i miasta przez Rosjan w ostatniej chwili garstka obrońców którą wsparła uzbrojona motorówka powstrzymała atak. Następnego dnia obrońcy podpalili go aby uniemożliwić przeprawę.
Ale najważniejszym epizodem w działaniach floty wiślanej była obrona Płocka. 18 sierpnia Płock został zaatakowany, wywiązały się bardzo ciężkie walki uliczne. Kiedy Rosjanie zaatakowali w kierunku mostu na ich drodze stanął mały odział żandarmerii w sile 80 ludzi wsparty 300 ochotnikami Straży Obywatelskiej. Siły te nie dały by rady powstrzymać naporu nieprzyjaciela ale postanowiły bronić mostu. Kiedy Rosjanie prawie złamali obrońców i już dosłownie metry dzieliły ich od wdarcia się na most przybyły z odsieczą statki floty wiślanej. Były to „Minister”, „Stefan Batory”, „Wawel” i kilka motorówek. Marynarze od razu uderzyli na przeciwnika i rozpętała się walka z nową siła. Załoga uszkodzonego „Batorego” wyrzuciła swój statek na brzeg i dalej prowadziła ostrzał ze swego pokładu. Jedna z motorówek z „Ministrem” skutecznym ostrzałem ze swych karabinów maszynowych i armat nie dopuściła Rosjan do opuszczenia wąwozu Winiary. Walki w obronie Płocka zostały docenione miasto zostało odznaczone krzyżem walecznych tak jak i 64 obrońców miasta oprócz tego wręczono 15 krzyży Virtuti Militari w śród nich znaleźli się i marynarze byli nimi; ppor. mar. Stefan Kwiatkowski (dowódca ORP. Stefan Batory), mar Bronisław Michnowicz (ORP. Stefan Batory), ppor. mar. Henryk Sułkowski (dowódca ORP. Wawel) i mar. Franciszek Musiał z motorówki. Flotylla Wiślana istniała do roku 1926 kiedy to została rozwiązana a jej jednostki i marynarze zostali wcieleni do Flotylli Pińskiej.